Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

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Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda Mirme » 22/03/2016, 12:23

Questo lavoro non è molto grande, ma il fatto che sia stato realizzato da molti mirmecologi presumo sia per equa posizione nei confronti di tale argomento. Chiedo a chiunque lo legga di darmi una propria opinione al riguardo.
http://download.springer.com/static/pdf ... 0e6de4783d
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda feyd » 22/03/2016, 15:57

letto tutto, premetto che molte delle sentenze sono troppo specifiche per me per comprenderle appieno ed ho notato che stranamente la lettera più usata dell'articolo è la y :lol: :lol: :lol:

Se ho capito bene il porblema è che il cambio di nomenclatura proposto da Ward et all crea molta confusione e parziale perdita di informazione, il che è palesemente vero.
Ora però ok criticare ma va fatto in modo costruttivo, quindi per prima cosa andrebbe deciso quale è l'obiettivo che si vuole ottenere con la nomenclatura scientifica. E' altersì evidente che l'attuale nomenclatura, almeno dal punto di vista mirmecologico è fin troppo "antica" o quantomeno presenta falle notevoli con specie descritte più volte del dovuto con nomi diversi o specie descritte dei quali mancano i campioni o descrizione accurata.

Detto questo secondo me il nome dato ad un genere o specie dovrebbe dare informazioni sulla specie, quindi più che sinonimizzare tutti i Tetramorium con i loro parassiti includerei i parassiti in un genere loro chiamato tipo [iTetramorium"schiaviste"][/i] dove "schiaviste" va sostituito con la parola nella lingua antica che preferite ma che indichi questa caratteristica, o inserendo questa parola non nel genere ma nel nome della specie. In questo modo si potrebbe sinonimizzare i vari generi per filogenetica ma mantenendo l'informazione necessaria sulla specie.
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda winny88 » 22/03/2016, 18:56

Che bello!!!

Il nocciolo della questione è proprio il timore di moltissimi tassonomisti e sistematici nel mondo davanti agli ultimi sviluppi dell'utilizzo delle metodologie molecolari per sentenziare definitivamente la sistematica. Ecco perché tutti quegli autori, e sono sicuro che si tratta solo di una piccola rappresentanza e che il numero reale di persone che avrebbero sottoscritto l'articolo avrebbe parecchi zeri.


Detto in maniera molto elementare, stanno dicento: "Oh, e che è??? Vogliamo vedere che qua l'elevazione dell'importanza del genotipo ci elimina proprio del tutto la valenza del fenotipo?! Il fenotipo non può essere completamente accantonato e non vogliamo accantonarlo!"

L'ideale espresso da Ward è quello di fondare d'ora in poi la sistematica sulla ricerca assoluta della filogenicità, eliminando completamente la polifileticità da qualunque taxon esistente. La polemica di questa gente è che innanzitutto l'ICZN (che, ricordiamocelo, ha le sue radici nel Systema Naturae di Linnaeus) non specifica assolutamente mai che i taxa devono essere necessariamente completamente scevri dalla polifileticità e soprattutto... che loro non sono d'accordo con l'ideale di Ward!

Come abbiamo varie volte notato anche noi, la vecchia sistematica delle Myrmicinae era molto più pratica, intuitiva e in definitiva utile dal punto di vista interpretativo rispetto a quella sancita da Ward e questa gente sta dicendo che secondo loro era quindi... più adatta, più giusta da portare avanti, anche se filogeneticamente magari più scorretta. Un paradosso che hanno centrato in pieno è che nonostante la vecchia sistematica fosse filogeneticamente scorretta, sembrava quasi essere evoluzionisticamente più "informativa". Se io chiamo i parassiti dei Temnothorax con lo stesso nome dei loro ospiti non ho nessuna informazione dal punto di vista evolutivo all'interno di questo gruppo, ma se chiamo alcuni dei loro parassiti Myrmoxenus, giustificando il genere diverso soprattutto in virtù proprio della loro biologia/etologia, ho capito che l'evoluzione dei Temnothorax è andata avanti e ha prodotto delle specie che per speciazione simpatrica hanno raggiunto il ruolo di parassiti. Ricordiamoci che tra le formiche, nel 999 per mille dei casi i parassiti derivano dai propri ospiti.

Insomma: mi sembra quasi una raccolta di firme. Per far capire a Ward e a chi condivide il suo ideale che il resto del mondo non è necessariamente d'accordo. E io sono convinto che Ward e colleghi prenderanno fortemente atto di quest'informazione. Lo scopo è questo, non è vero che non è qualcosa di costruttivo. Io ci vedo un'idea estremamente costruttiva.

Dato che è uscita da pochissimo la revisione anche delle Formicinae e Ward e colleghi sembrano avere tutta l'intenzione di continuare, il messaggio è: "ALT! Fermiamoci un attimo qui a riflettere! Qual è la strada che noi vogliamo prendere definitivamente? E come soggetto quel "noi" comprende tutto il mondo, non solo il vostro gruppetto!". Se va avanti il piano del gruppo di Ward, sarà qualcosa a cui si dovrà adeguare ed allineare tutto il resto del mondo. Non so se è chiaro, ma siamo in un periodo in cui il progresso scientifico ci ha messi di fronte ad un enorme bivio che potrebbe rappresentare una svolta epocale sul sistema tassonomico che utilizziamo (e che abbiamo sempre utilizzato). E' giusto quindi che TUTTI esprimano il proprio parere e lo facciano presente a chi sembra voler... prendere le decisioni da solo! Per prepotenza o semplicemente per convinzione errata che gli altri condividano sicuramente.

Faccio infine notare che, con un azzeccatissimo riferimento alle leggi dell'ontologia delle dimensioni, l'idea completa di questi autori è la complementarietà che dovrebbe esistere tra il genotipo ed il fenotipo per un più completo ed efficace sistema tassonomico. Non parlano quindi di eliminare l'analisi molecolare (il genotipo o la filogenesi), semplicemente di non eliminare la morfologia (cioè il fenotipo, il fenomeno visibile che effettivamente deriva dal genotipo), l'etologia e la biologia e di rendere quindi i due aspetti complementari. Se io ho informazioni solo dalla proiezione sul piano orizzontale (la filogenesi), so un oggetto da cosa deriva, ma non conosco la forma dell'oggetto, non so come appare nella realtà, insomma non lo conosco davvero, in maniera completa. Se ho una proiezione sul piano orizzontale che è un cerchio, potrebbe essere un cilindro, un cono, una sfera... Se io ho in effetti un cilindro appoggiato su un tavolo e lo guardo di lato, vedo in realtà un rettangolo, che è la sua proiezione sul piano verticale (la morfologia, la biologia e l'etologia). Dovrei sollevarlo ed osservarne la base (eseguire delle analisi molecolari) per capire definitivamente che la sezione è circolare, cioè da cosa deriva. Anche in questo caso quindi non conosco l'oggetto nella sua completezza. Se invece conosco le due proiezioni, il cerchio (la filogenesi) e il rettangolo (la morfologia) so cosa ho realmente davanti: un cilindro! Posso in tal caso dire allora che, forse, conosco davvero la cosa!

Se volete il mio parere, anche se probabilmente è già trapelato fin dall'inizio, è che se fosse per me quella pubblicazione avrebbe una "firma in calce" in più. Ed avendo discusso di persona con un altro paio di professionisti nostri amici, credo proprio che contando anche loro le firme aggiuntive sarebbero state almeno 3-4! ;)
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda Mirme » 22/03/2016, 23:21

Infatti questa pubblicazione l'ho girata a Scupola visto che lui per primo ha espresso il suo dissenso non tanto per l'analisi molecolare, ma soprattutto per come tali dati siano stati interpretati. Alla fine, ogni buon tassonomo mi ha sempre detto che "la tassonomia è un modo per schematizzare il vivente e rendercelo più comprensibile ai nostri occhi". Tutto sta in come si vengono ad interpretare i risultati. Se mi mettono Strongylognathus sinonimo di Tetramorium o Myrmoxenus sinonimo di Temnothorax è comprensibile in quanto a livello genetico (e probabilmente evoluzionistico) ne danno dimostrazione sperimentale, ma questa loro peculiarità di parassiti non viene enfatizzata in questa nuova visione. Proprio per questo sono in pieno accordo con quello che avete detto voi: la classificazione è sì "obsoleta" perchè molto basata sulla scuola fenetica (un tantino old school ai nostri giorni) ma per come essa è strutturata da' un quadro molto più chiaro di altri aspetti non legati solo all'aspetto evoluzionistico. L'analisi genetica sinceramente può servire molto a comprendere la storia evolutiva delle specie, ma indubbiamente bisogna essere cauti nelle considerazioni finali e, per come la vedo io, mi pare che abbiano avuto un po' troppa fretta nell'esprimerle. Temo che questa questione possa creare un bel dibattito che durerà anche per molto tempo... :-?
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda winny88 » 23/03/2016, 8:07

"Frettolosi"... non so!

Se ci mettevano un altro po' di tempo nel frattempo Ward pubblicava anche le revisioni di Ponerinae, Dolichoderinae, Dorylinae, Ectatomminae... :-D E a quel punto significava aver sancito definitivamente qual è la strada intrapresa (da tutti).
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda Mirme » 23/03/2016, 23:55

Si, ok... se avessero fatto una revisione ancora più stravolgente probabilmente sarebbe iniziata la terza guerra mondiale. :lolz: sta di fatto che come sempre il concetto di specie viene messo in discussione e ovviamente nessuno ha mai né ragione né torto. Tutto dipende da cosa si vuole mettere in risalto e cosa invece dare "per scontato" discostandolo dalla classificazione. A entomodena avremo molto da discuterne!
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda enrico » 24/03/2016, 0:16

Argomento molto interessante. Sinceramente sono un po' indeciso su che giudizio avere, e anzi penso sia proprio meglio astenermi dal dare un parere netto. Faccio solo qualche considerazione sperando che il sonno non avvolga tutti i neuroni mentre ancora scrivo.

Come è stato detto i nomi che diamo alle entità biologiche, e lo stesso (dibattuto) concetto di specie, sono degli importanti strumenti di cui arbitrariamente ci dotiamo al fine di schematizzare e astrarre la realtà in modelli a noi utili per comprenderne i complessi meccanismi, che devono mantenersi funzionali.

Mi rendo fra le altre cose conto che non ho un senso chiaro di quanto una nomenclatura che consideri Strongylognathus come Tetramorium possa nella pratica essere fattore di scomodità (mi verrebbero da immaginare anche forme un po' più sintetiche di esprimersi di quella proposta nell'articolo, ma magari sbaglio.. :unsure: ).

Da un lato senz'altro una nomenclatura che rispecchi la filogenesi è per ciò stesso portatrice di una informazione in più, e per la verità tendo sempre a pensare che mi piacerebbe fosse così (e credo di non essere il solo). D'altro canto c'è da dire anche che i limiti stessi entro i quali una specie si considera parte di un certo genere o vada collocata in un genere a sè, insomma la effettiva distanza genetica cui dovrebbero corrispondere queste distanze nella tassonomia, sono davvero criteri oggetto di critiche e scontenti da tante parti (formiche a parte, le ultime le ho sentite riguardo l'erpetologia.. :wacko: ).

Insomma ci faccio un bel sonnellino su adesso :lol: Ma comunque non saprei schierarmi in questo interessante dibattito, di cui però mi incuriosisce leggere.
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda alegros » 24/03/2016, 13:24

Che dire, ho sessant'anni, e rimpiango sempre di più la cara, vecchia ma bella entomologia descrittiva...
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda enrico » 27/03/2016, 23:34

A proposito... :smile: Temnothorax kraussei e Myrmoxenus kraussei sono due specie differenti, vero? :uhm: :wacko:
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda winny88 » 28/03/2016, 2:19

Sono 2 specie diverse, ma dato che Myrmoxenus è caduto in sinonimia con Temnothorax, si è creata l'omonimia: tra Temnothorax kraussei (Emery, 1916), quello che già era Temnothorax, e Temnothorax kraussei (Emery, 1915), l'ex Myrmoxenus. Dato che il secondo è il nome più vecchio, la priorità sarebbe toccata a lui, ma dato che il T. kraussei (Emery, 1916) ha questo nome (ed è stato usato con questo nome) dal 1971, in virtù appunto del suo utilizzo proprio Ward e colleghi hanno chiesto ed ottenuto l'anno scorso l'inversione della priorità e al contempo hanno proposto il nome sostitutivo (così come prima o poi bisognerebbe fare per tutti gli omonimi juniore) per il T. kraussei (Emery, 1915), cioè Temnothorax mediterraneus Ward, Brady, Fisher & Schultz, 2015.

Insomma, per riassumere, il vecchio Temnothorax kraussei (Emery, 1916) è rimasto come tale e il vecchio Myrmoxenus kraussei attualmente è Temnothorax mediterraneus Ward, Brady, Fisher & Schultz, 2015.

Uno dei vari "casini" derivanti dalla nuova sistematica di Ward e colleghi.
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda entoK » 28/03/2016, 20:32

Non ho ancora avuto il tempo di approfondire i lavori di cui parlate (anche perché se avessi tempo darei la priorità a finire un vecchio intervento), ma non vedo perché i nuovi dati che scaturiscono dalle analisi genetiche con il conseguente rimaneggiamento degli alberi filogenetici debbano portare a ridurre il numero di distinzioni tassonomiche invece che nel riordinarle.
Probabilmente suonerà un po' ingenuo visto che non ho ancora approfondito niente, ma posto che si rivedano i gradi di parentela di alcune specie ed è in principio giusto rivedere gli ordinamenti tassonomici per ribaltare distinzioni errate, ma considerato che la natura è continua ed epistemologicamente la tassonomia ha il compito di risolvere un problema di categorizzazione di tale "continuità" in una maniera utile allo scibile umano: non vedo perché si dovrebbe arrivare a condensare la categorizzazione invece di renderla più precisa e assodata.

Si scopre che i vari parassiti dei Tetramorium sono più imparentati all'ospite di quanto morfologicamente sembrasse? Va bene, si rivedranno gli alberi di parentela e ridefiniranno i precedenti ordini di classificazione, ma la "granularità" da qualche parte converrà pure tenerla! Ogni parassita si sarà distaccato dall'ospite in un certo tempo ed alcune specie avranno maggiore affinità evolutiva fra loro che rispetto ad altre, mica sono stati creati tutti assieme come Tetramorium! Perciò, per assurdo, posso anche comprendere di più spostare in Anergates l'ospite Tetramorium da cui deriva e viceversa spostare in Tetramorium degli Strongylognathus più affini ad alcuni di questi che perdere comunque gradi di informazione e granularità. Anzi come, ho già detto in passato sull'argomento, secondo me, per fini molto pragmatici, in certi generi avere una maggiore granularità sarebbe auspicabile e non il contrario, anche perché è proprio questo il fine della tassonomia: distinguere! Altrimenti si torna a poeticizzare come Shakespeare che la rosa non ha bisogno di un nome per essere apprezzata e si può anche smettere di interrogarsi dunque..
:roll:
Sicuramente questo ultimo punto non è un pensiero mio originale visto che, nonostante ufficialmente siano validi solo genere e specie, la necessità di ulteriori categorizzazioni come il sottogenere o il anche il banale riferirsi al gruppo di specie è quanto mai di uso esteso e consuetudinario nel campo tassonomico (di certo non ce lo siamo inventati noi semplici appassionati).
Quindi per riprendere sul tema, dopo il lato destruens degli ultimi lavori mi aspetto come norma nei cambiamenti scientifici una consecutiva opera costruens nuova.
:winky:
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda enrico » 29/03/2016, 21:15

Grazie Winny, ero un po' confuso. Sulle vecchie checklist trovavo entrambi i nomi, ma poi su antweb trovavo un "unico" Temnothorax kraussei. :unsure:

edit:
Vi linko questo piccolo contributo al dibattito sul blog di Alex Wild. ;)
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda entoK » 08/02/2017, 13:40

Va bene questo lo posso capire pure io che non sono nel settore, però, mi sorprende il fatto che da te non mi sarei mai aspettato che non esprimessi proprio alcuna opinione al riguardo... non è da te una così marcata mancata presa di posizione!
:twisted: :smile:

Senza nulla togliere all'opinione che ha già espresso molto pragmaticamente Vincenzo con la metafora del cilidro, che in parte condivido.

Ho trovato anche molto interessante l'intervento di Alex Wild che ha suggerito enrico, be' in verità non tanto l'intervento in sé, in cui è palese che Wild sottoscrive a priori la linea di Ward, senza entrare nel merito perché non conosce bene i generi oggetto della diatriba.. quanto invece la discussione che scaturisce a seguito dell'intervento che mi pare molto costruttiva.

Provo a farne un piccolo sommario semplificato e tradotto qua di seguito, così che quel piccolo dibattito sia più chiaro anche ai non addetti ai lavori (mi si perdoni se qualche tecnicismo andrà perso).

I punti nodali che hanno evidenziato sulla questione sono i seguenti:
  • chiarito il fatto che il fine scientifico della tassonomia non è quello di "raggruppare pesci e balene" solo perché si somigliano morfologicamente, quanto piuttosto quello di esplicitare le relazioni di parentela tra specie;
  • chiarito che dette specie pur apparentate (monofiletiche, cioè aventi un comune antenato) possono anche sviluppare un fenotipo completamente diverso e che questa morfologia possa persino risultare comune fra specie che, in momenti diversi, si sono specializzate in nicchie analoghe e altresì che queste chiavi tassonomiche possano avere un importante valore per riconoscere dette specie;

Cosa si preferisce fare? Loro là danno solo due fronti di risposta in opposizione:
  1. raggruppare assieme e indistintamente in un unico genere tantissime specie (risolvendo omonimie a pacchi) in base al fatto che le analisi molecolari hanno stabilito che hanno tutte un antenato comune e poi al limite per non perdere una marea d'informazioni che nella pratica sarebbero molto utili, riferirsi come prassi solita ai gruppi di specie, tipo umbratus-group o ai sottogeneri per intenderci;
  2. lasciare i generi dei parassiti perché hanno un valore pratico di riconoscimento e piuttosto evidenziare le derive evolutive finora considerate minori in Tetramorium spezzettandolo in più generi (così come è già successo con alcuni sottogeneri passati al rango di genere ultimamente).

In pratica Ward ha evidenziato il problema che molte specie di parassiti sociali come Strongylognathus (per non perderci inutilmente faccio l'esempio limitandomi a 2 generi, anche se il discorso è maledettamente più ampio) benché apparentemente morfologicamente simili tra loro, si sono in realtà evolutivamente separate in tempi recenti (dai loro ospiti più prossimi come già detto), così come le varie Tetramorium si speciavano fra di loro pur mantenendo apparentemente una maggiore somiglianza morfologica. Inoltre come se non bastasse ricordiamoci che esiste pure l'annosa questione delle specie criptiche, cioè specie diverse che sono morfologicamente praticamente identiche (anche se personalmente mi sembra un po' al limite parlare di fenotipo uguale se un organismo produce molecole diverse).

La soluzione di Ward, cioè mettiamole tutte indistintamente in Tetramorium (lasciamo perdere il fatto che là qualcuno dica che Strongylognathus avrebbe la precedenza secondo le regole) appare per forza di cose drastica perché: pone il problema delle omonimie da risolvere creando una confusione immane e soprattutto mette in discussione le chiavi morfologiche fino ad oggi utilizzate per distinguere questi "generi".
Mi pare ovvio che qualsiasi persona che raccoglie formiche sul campo possa sollevare dei più che leciti dubbi, quindi altro che lettera! Se posso esprimere la mia opinione credo che l'approccio giusto debba superare i limiti di entrambi gli schieramenti (come nel tentativo espresso da Vincenzo), anche se non sono completamente d'accordo sul fatto che debba per forza conservare l'univocità delle chiavi morfologiche come mezzo principale per la definizione di un genere. Di sicuro un approccio che impoverisce le informazioni e poi mi obbliga ad usare i gruppi di specie... be' allora poi non lamentiamoci se finiamo per sdoganare l'uso dei sottogeneri, perché il problema nella pratica poi si sente! Tanto vale fare tabula rasa e aumentare i generi cioè la granularità a cui mi riferivo all'inizio!

Riassumendo la questione per i neofiti: se pensavate che fosse difficile riconoscere anche solo il genere di una formica, bene! Da domani non solo potrebbe esservi impossibile senza un analisi genetica, ma addirittura quelle che vi sembravano uguali potrebbero essere diversi generi e viceversa!
:lol:
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Re: Una critica ai metodi interpretativi dei dati genetici.

Messaggioda winny88 » 09/02/2017, 15:20

Un solo commento sulle prime due parole evidenziate in rosso, dato che tutto il resto già lo abbiamo discusso e a quanto pare non arriveremo mai ad essere d'accordo (ed è giusto che sia così): "ampiamente abbandonato"... dagli americani! La frase è corretta così. :)

Ma tanto per gli americani esiste solo l'America!
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