Non sono sicuro di aver capito..

ma se la regina ha causato l'allagamento vuol dire che dovevi mettere più cotone nel serbatoio e far sentire la regina più tranquilla magari spingendo quello anteriore più in basso (comunque le regine di
Messor sp. si stressano facilmente e scavano pure se le lasci in pace).
Anch'io faccio spesso l'errore di mettere poco cotone dal serbatoio e poi finisce che quando le operaie diventano tante e intraprendenti riescono a scavarlo e andare in piscina..

La situazione che descrivi non sembra ottimale perché se ho capito bagni il cotone all'ingresso e a parte il fatto che devi andarci accanto spesso e rischi d'innervosirla, rischi anche che diminuisca il ricambio d'aria.
Ora visto che è la terza volta

che ci andresti accanto ti consiglio di prenderti una provetta nuova capire bene e con calma come provare a fare il serbatoio, io faccio così:
- prendi un fiocco di cotone ben grosso (meglio togliere quello in più che avere dei pezzettini che poi non riesci a far stare insieme) e lo comprimi bagnandolo così capisci se riesci a ottenere uno spessore di un paio di cm
- riempi la provetta d'acqua fino all'orlo e cominci a metterci dentro il cotone, così facendo eviti che si formi una grossa bolla d'aria, a questo punto spingi giù il cotone in modo che di delimiti un serbatoio lungo circa 3/4 della provetta
- giri la provetta per svuotare l'acqua in eccesso e fai asciugare la camera aperta per qualche ora, così controlli la tenuta: solo il cotone deve restare umido non devi vedere nessuna goccia in giro
- ti prepari per trasferire la regina devi essere calmo e lavorare senza imprevisti: prendi la giusta misura di cotone asciutto per chiudere l'imboccatura e magari prendi un pennellino a setole morbide per trasferire le uova senza perderle se non cascano assieme alla regina
- ci sono due vie quella con le buone e quella con le cattive: nel primo caso apri entrambe le provette, ne unisci le imboccature, oscuri la parte nuova e illumini la vecchia sperando che faccia tutto lei, se dopo qualche ora non cambia nulla cerchi di far cadere regina e mucchi di uova nella nuova sistemazione
- in entrambi i casi se qualche uovo resta nella provetta usando delicatamente il pennellino puoi recuperarli e spostarli accumulandoli sugli altri (si appicicano in genere occhio)
- terminata la procedura lasciala in casa in un posto tranquillo e in penombra dove sei sicuro che la provetta non rotoli (puoi anche usare nastro adesivo per fissarla) e non disturbarla per un paio di settimane, ovviamente non dovrai alimentarla
Se hai almeno 8-9 cm di acqua puoi stare tranquillo che per almeno 6 o più mesi non dovrai andarci accanto (il livello dell'acqua diminuirà molto lentamente tirandosi dietro il cotone cosa che amplierà gradualmente la stanza asciutta, giusto in tempo per le operaie), quando tra più di un mese avrai le prime operaie allora penserai al passo successivo, cioè a fornire cibo. Prima di allora non dovrai più aprire la provetta e cerca di disturbarla il meno possibile.